Python のコードチェッカーはいくつかありますが、私は設定無しで実用になる pyflakes を使っていました。
しかし、最近 Django を使っていて settings.py を production や development に分ける際に

from plog.settings.base import *

# some settings...

のように書いているのですが、これだと pyflakes では

'from plog.settings.base import *' used; unable to detect undefined names

と言われてしまいます。これを出ないようにしようとしても、 pyflakes にはエラーや警告を制御するような機能がありません。
そこで pyflakes の代替として flake8 を使うことにしました。
flake8 は pyflakes と pep8 のラッパーですが、いくつか機能が追加されたものです。
flake8 では前述の pyflakes の警告を以下のようにして抑制することができます。

from plog.settings.base import *  # noqa

# some settings...

エラーや警告を抑制したい行の末尾に特殊なコメント # noqa を追加するだけです。
また、 flake8 は設定ファイルで常に特定のエラーや警告を制御することもでき、大変幸せになれます。

さらに幸せを享受したい場合は http://flake8.readthedocs.org/en/latest/ の公式ドキュメントを読んでください。